Tokugawa Ieyasu, un geniu militar, a început ca un daimyo oarecare, însă în 1603 a devenit shogun. El și succesorii săi au formulat reguli economice și politice care au asigurat pacea mai bine de două secole. În 1868, din cauza presiunilor din interiorul și din afara țării, ultimul dintre shogunii Tokugawa a fost forțat să renunțe la rangul său, împăratul preluând puterea. Astfel s-au încheiat 700 de ani de stăpânire a shogunilor și a samurailor.

După reunificarea țării sub dominația shogunilor din casa Tokugawa, la începutul secolului al XVII-lea, shogunii au aplicat o politică de izolare a Japoniei pentru a împiedica pătrunderea influenței economice și politice a Europei. Shogunii Tokugawa își mută capitala la Edo (azi Tokyo) care, dintr-un mic sat de pescari, devine centrul politic al țării. În timpul domniei primilor shoguni Tokugawa - Ieyasu (1603-1605), Hidetada (1605-1623) și Iemitsu (1623-1652) - atât străinii cât și japonezii convertiți la creștinism au fost persecutați cu multă asprime, până în anul 1640 fiind expulzați toți europenii din Japonia. Faptul a dus la declanșarea unor mișcări de revoltă între anii 1637 și 1638. Perioada Edo a fost epoca în care s-au creat instituțiile politice, economice și sociale, într-un mediu cultural specific, care au influențat (și chiar au determinat) evoluția societății japoneze până în zilele noastre.

Ultimul shogun, Tokugawa Yoshinobu (1867-1867), după abdicare, nu și-a făcut seppuku, așa cum ar fi cerut tradiția, ci a trăit un timp în obscuritate, iar mai apoi a fost primit la curtea imperială.