Titlul de shogun (de fapt Sei-i-tai shogun, „marele general care subjugă barbarii din est”) ca instituție guvernamentală, echivalent cu cel de “generalissim”, a fost acordat inițial de împăratul Go-Toba (1184-1198) șefului clanului Minamoto, Yoritomo, în anul 1192, astfel conferindu-i puterea militară în stat. Japonia a fost cârmuită de shoguni timp de șapte secole.

Numai un singur daimyo putea la un moment dat să se bucure de acest titlu. Orice daimyo care se împotrivea shogunului se considera a fi răzvrătit împotriva tronului, era înlăturat de îndată și își pierdea domeniile.

În a doua jumătate a secolului al XII-lea în Japonia s-a înăsprit lupta pentru putere între două grupuri ale aristocrației funciare locale: casa Minamoto, care stăpânea pământuri în partea de nord-est a Japoniei și casa Taira, ale cărei domenii erau situate în Japonia de sud-vest. Clanul Minamoto s-a ramificat apoi în numeroase familii cum ar fi: Ashikaga, Tokugawa, Nitta, Kitabatake etc. Casa Minamoto, biruitoare în lupta decisivă de la Dan-no-ura din anul 1185, a început, după înlăturarea de la puterea reală a împăratului (împăratul va continua să-și aibă reședința la Kyoto), să joace rolul principal în viața politică a țării. În august 1192, Minamoto Yorimoto a adoptat titlul de shogun și a devenit cârmuitorul Japoniei. Reședintă a shogunului și capitală politică a Japoniei a devenit orașul Kamakura. De acum înainte, până în noiembrie 1867, acest titlul de shogun va fi purtat de deținătorul real al puterii, în timp ce împărații vor rămâne simboluri la Kyoto (shogunii fiind socotiți uzurpatori).

Shogunul obținea veniturile, în principal, pe două căi: prima era impozitul în orez, care se ridica anual la 8 milioane koku (1 koku = 180,38 kg) din producția totală de 28-29 milioane koku pe an. Aceste cifre se referă la începutul perioadei Tokugawa. Pentru perioada mai târzie se apreciază că producția de orez a Japoniei era de circa 30 milioane koku, din care 4,2 milioane mergeau la familia shogunului și 2,6 milioane la vasalii lui. A doua cale era impozitul asupra mineritului, comercianților, artizanilor, care erau însă mici în comparație cu ceea ce se obținea din dările în orez ale țăranilor. Întrucât agricultura se desfășura pe mici arii, din cele 84 de provincii (kuni), marii nobili provinciali nu au putut acumula destule bogății ca să devină un pericol pentru shogun.

Teoria prin care shogunul a exercitat puterea reală și prin care împăratul era ținut în palatul din Kyoto, consta în aceea că nu se cuvine ca persoana împăratului să fie contaminată de grijile statului, așa că el a delegat temporar puterea generalului său, împăratul rămânând, în teorie, sursa întregii puteri. Cu toate că tronul împăratului a fost izolat, simțămintele de loialitate ale japonezilor față de el nu au încetat niciodată. Shogunul a înțeles aceasta și l-a înconjurat pe împărat cu un zid aproape impenetrabil de obstrucții protocolare și ceremoniale, reușind să-l țină în izolare și departe de viața politică, astfel ca împăratul să nu poată interveni și controla evenimentele.

Problema cu care s-au confruntat japonezii sub guvernările dictatoriale shogunale, a constat în aceea că dacă nu ar fi respectat tradiția familiei imperiale ar fi ajuns la propria ruinare, iar dacă ar fi arătat respect exagerat pentru ea, și-ar fi pus în pericol propria lor existență. Acestea nu au avut niciodată puterea de a distruge focarul credinței si tradiției naționale nipone, adică familia imperială. Mai mult, respectul față de ea a fost, în realitate, condiția necesară pentru stabilirea și menținerea propriei sale puteri militare și economice în arhipelag. În acest fel, se explică de ce curtea imperială a rămas, de-a lungul timpului, un centru unificator pentru toate clanurile (uji) japoneze.