Original titlul de shogun (de fapt Sei-i-tai shogun, „marele general care subjugă barbarii din est”) era dat comandanților militari din perioada Heiană pe durata campaniilor militare împotriva inamicilor care se împotriveau curții imperiale din Kyoto. Otomo no Otomaro a devenit primul Sei-i-tai shogun din istorie. Cel mai faimos dintre acești shoguni a fost Sakanoune no Tamuramaro care a învins inamicii curții imperiale în numele împaratului Kammu. Ulterior, titlul a fost abandonat în perioada Heiană târzie după ce shogunul Ainu a fost fie subjugat, fie alungat la Hokkaido.

Mai târziu, alt shogun a fost desemnat. Minamoto no Yoshinaka a fost numit Sei-i-tai shogun în timpul războiului Gempei dar urma să fie ucis la scurt timp după război de Minamoto no Yoshitsune.

Restaurarea Kemmu

Sfârșitul shogunatului Kamakura a venit atunci când Kamakura a căzut în 1333 și Regența Hojo a fost distrusă. Două familii imperiale, Go-Saga ramura superioară, și Go-Daigo ramura inferioară, au atentat la tron. Dupa ce a refuzat alternarea cu Go-Saga, ramura Go-Daigo a fost exilată. În jurul anilor 1334-1336 Ashikaga Takauji i-a ajutat pe Go-Daigo să recapete tronul.

Lupta împotriva shogunatului l-a lăsat pe Împărat cu prea mulți oameni ce-și doreau pământuri. Ashikaga Takauji s-a întors împotriva împăratului când mulțimea de oameni nemulțumiți în privința împărțirii pământurilor a crescut îndeajuns de mult. În 1336 împăratul a fost izgonit din nou, în favoarea unuia nou.

În timpul Restaurării Kemmu, după căderea shogunatului Kamakura în 1333, un alt shogun s-a ridicat. Prințul Moriyoshi (deasemenea cunoscut ca și Prințul Morinaga), fiul împăratului Go-Daigo, a fost numit Sei-i-tai shogun. Cu toate acestea, Prințul Moriyoshi a fost pus mai târziu sub arest și, în 1335, a fost ucis de Ashikaga Tadayoshi.